Научная деятельность Владимира Бархударяна была направлена на изучение истории армянских колоний и основных проблем армяно-русских отношений. Он был одним из первых в этой области специалистов, кто осознал актуальность изучения истории армянских колоний и стал одним из основоположников этого направления, систематизировав и заложив в его основу новый научный подход.

В своей монографии ‘’История армянской колонии Нового Нахичевана’’ (т.1-2, 1967, 1985), использовав богатый источниковедческий материал, ученый осветил  экономическую, общественно-политическую и культурную историю армянской колонии Нового Нахичевана.

Труды Бархударяна проливают свет на значимую роль, которую сыграла армянская колония в освоении и развитии экономики и торговли в такой малонаселенной части южной России, как Новороссийская область.

Под руководством Бархударяна, в Институте истории, при отделе ‘’История армянских колоний и армянской диаспоры’’, были основаны и изданы сборники, посвященные изучению деятельности армянских колоний: ‘’Из истории армяно-венгерских историко-культурных сношений’’, ‘’Армянские освободительные движения и армянские колонии в 16-18веках’’ (1985), ‘’Страницы истории армянских колоний’’ (1985).   

Значителен вклад Владимира Бархударяна в создание учебников истории, разработанных после независимости страны. Под его редакцией вышли в свет четыре учебника, включающие в себя полную историю армянского народа.

Академик Бархударян долгие годы являлся членом научных советов разных научных учреждений: Институтов истории, этнографии и археологии НАН РА, исторического факультета ЕГУ, Матенадарана им. М.Маштоца, Высшей аттестационной комиссии. В работе всех этих центров, а также в жизни и деятельности Армянской апостольской церкви, членом Высшего духовного совета которой он являлся, Академик Бархударян принимал самое активное участие. Бархударян содействовал также становлению духовной семинарии Месропа Маштоца в Ошакане.

Владимир Бархударян занимался активной научной и организационной деятельностью более четырех десятилетий. Он занимал должности заместителя директора Института истории, академика-секретаря НАН РА, заместителя председателя НАН РА, академика-секретаря отдела арменоведения и общественных наук. За свои труды Бархударян был награжден Орденом славы Армянской ССР, Орденом св. Маштоца РА, Орденом св. Саака- св.Маштоца Первопрестольного Св. Эчмиадзина, золотой медалью Министерства образования и науки РА.