С первых дней основания в структуру Института Истории входили отделы истории, археологии, эпиграфики, философии и искусства. В составе отдела истории действовал кабинет истории Великой Отечественной войны.
В 1944 г. структура Института изменяется. Отдел истории разделяется на две подраздела - Древней и Средневековой истории и Новой истории. 
Начиная с 1947 г. в составе Института Истории начинает действовать отдел Истории Советской Армении.
В 1959 г. в составе Института Истории Академии Наук основывается отдел истории СССР и стран народной демократии, который позже был переименован в отдел армянских общин и изучения исторических связей. 
В 1960 г. в Институте Литературы АН создается отдел армянской периодики, который в 1965 г. переходит в состав Института Истории.
В 1966 г. отдел Древней и Средневековой истории расширяется. Теперь в Институте действовали Отдел Древней истории и Отдел Средневековой истории. 
В 1977 г. создается отдел изучения армяно-российских исторических связей. 
С 2002 г. Институт имеет уже новую структуру.
В данное время в системе Института Истории НАН Армении действуют 7 научных отдела, компьютерный отдел и Центр имени Месропа Арх. Ащчяна. 


1. Администрация Института

2. Отдел древней истории

3. Отдел средневековой истории 

4. Отдел новой истории

5. Отдел новейшей истории

6. Отдел истории Армянского вопроса и геноцида

7. Отдел истории диаспоры и армянских общин

8. Отдел истории периодики и истории общественной мысли 

9. Центр имени Месропа Арх. Ащчяна