Ինստիտուտի գործունեության հիմնական հետազոտությունները ընթանում են երեք ուղղությամբ:

1.Հայոց պետականության և Հայ Առաքելական եկեղեցու պատմություն

Այս կարևորագույն ուղղության կատարումը իրականացվում է հետևյալ թեմաներով`

ա. Հայոց հին պետականության պատմություն (մ.թ.ա հնագույն ժամանակներից մինչև IV դար)
բ. Հայոց պետականությունը և Հայ Առաքելական եկեղեցին միջնադարում
գ. Հայ Եկեղեցին XIX-XX դարերում 
դ. Հայաստանի Առաջին Հանրապետության պատմություն (1918-1920)
ե. Խորհրդային Հայաստանի պատմություն (1920-1991)
զ. Հայաստանի Երրորդ Հանրապետության պատմություն (1991-2004)
է. Հայոց զինուժի, հայկական բանակի պատմություն
ը. Ժողովրդագրական գործընթացների ուսումնասիրություն

2. Հայ ազգային-ազատագրական շարժումների և հասարակական-քաղաքական մտքի պատմություն

Նշված ուղղությունը հետազոտվում է հետևյալ թեմաների շրջանակներում`

ա. Հայ ազատագրական պայքարը հին և միջնադարյան Հայաստանում
բ. Ազատագրական պայքարը և Հայ Առաքելական եկեղեցին
գ. Արևմտահայ ազգային-ազատագրական շարժումները XIX դ. վերջին և XX դ. սկզբին
դ. Հայ ազգային և սոցիալիստական կուսակցությունների պատմություն
ե. Հայ հասարակական մտքի և պարբերական մամուլի պատմություն
զ. Հայկական հարցի, Հայոց ցեղասպանության և սփյուռքի հիմնախնդիրներ

3. Աղբյուրագիտություն և պատմագրություն

Հետազոտության այս ուղղությունն ունի երկու թեմաներ՝

ա. Հայոց պատմության աղբյուրագիտություն
բ. Հայոց պատմության պատմագրություն

Հետազոտության յուրաքանչյուր թեմայի գծով նախատեսվում են մենագրությունների, ժողովածուների, հատորյակների հրատարակություններ: Ներկայացված թեմաների մեծ մասի հետազոտության արդյունքները տեղ կգտնեն պետության կողմից որպես նպատակային ծրագիր ֆինանսավորվող "Հայոց պատմություն" քառահատոր հրատարակության մեջ։